崇德八年八月二十六日，其子福臨即位，改年號為“順治”，31歲的莊妃被尊為孝莊皇太后。因皇太極謚號稱文皇帝，故又稱孝莊文皇太后。從此，孝莊皇太后走上了政治舞臺，凸顯出女政治家的智慧和才能。明崇禎十六年（1643年），李自成領導的農(nóng)民起義軍攻陷燕京（今北京），崇禎帝自縊，明朝滅亡。消息傳到盛京，孝莊皇太后當機立斷，建議攝政王多爾袞率領大清所有兵馬大舉入關，問鼎中原，實現(xiàn)清太祖努爾哈赤和清太宗皇太極的遺愿。她告誡多爾袞，入關后要嚴明軍紀，籠絡民心，勝利后遷都北京，穩(wěn)定中原。多爾袞率清軍與明降將吳三桂合兵剿滅李自成義軍，很快占領北京。

順治元年（1644年）十月十九日，孝莊皇太后帶著福臨偕文武百官，離開盛京，在王公、群臣的跪拜下，進入紫禁城，入居慈寧宮。她傾心培養(yǎng)福臨當好大清入主中原后的第一位皇帝。她以“獨嗜圖史”的文化素養(yǎng)，精心撫育小皇帝。她選擇最有學問的滿漢大臣作福臨的老師，“令翰林官直宿備顧問，經(jīng)書史冊，手不釋卷”。福臨每到后宮向太后問安，均長跪受教。她說服小皇帝對多爾袞入主中原之功封為“皇叔父攝政王”。

但是多爾袞權傾朝野，排擠異己，結黨擅權，并有廢帝自立的野心。孝莊皇太后認識到一旦政變，不但孤兒寡母的性命難保，而且大清江山也可能斷送在八旗內(nèi)亂中。她上下周旋，有進有退，委曲求全，理智地處理與多爾袞的關系。順治五年（1648年）十二月，她建議順治帝尊多爾袞為“皇父攝政王”，順治帝下詔加封，從而成功地保護了幼帝，使多爾袞的圖謀沒有得逞。有關“孝莊皇后和多爾袞為夫妻”之說，清代史書并無明確記載。順治七年（1650年），多爾袞病逝。為籠絡多爾袞兩白旗的勢力，太后安排順治帝率諸王、貝勒、文武大臣身披重孝在東直門5里之外，迎接多爾袞的靈柩。6天后，順治帝追封多爾袞“誠敬義皇帝”，廟號“成宗”。

為了使清朝得到漢族官吏的支持，順治九年（1652年），孝莊皇太后把為清朝戰(zhàn)死的漢族定南王孔有德的女兒孔四貞留在身邊，加封為和碩格格；太后還敢于沖破滿漢不通婚的祖制，于順治十年（1653年），將皇太極的十四女和碩恪純公主下嫁吳三桂之子吳應熊。此舉使絕大多數(shù)漢軍將領效忠清廷，也有助于以后康熙平“三藩之亂”的勝利。

順治十八年(1661年)，順治帝患痘病臥床不起，誰來繼承皇位刻不容緩，順治帝考慮因為皇子年少，準備立皇弟。太后聽取了在清廷任職的德國人湯若望提出“因玄燁出過天花，有免疫力，適合繼位”的諫言，深思熟慮后，堅持立皇三子玄燁。經(jīng)太后的極力推薦，順治帝依從了母后，立詔由皇三子玄燁繼位，為清朝選定了一位明君。

康熙二十一年（1682）春，皇帝出巡盛京，沿途幾乎每天派人馳書問候起居，報告自己行蹤，并且把自己在河里捕抓的鰱魚、鯽魚脂封，派人送京給老祖母嘗鮮；二十二年（1683）秋，康熙陪祖母巡幸五臺山，一到上坡地方，皇帝每每下轎，親自為祖母扶輦保護。