宋金元時期，在解剖學、診斷學、病因?qū)W、法醫(yī)學，以及臨床各科和對《傷寒論》的研究諸方面，又有了突破性的發(fā)展。由于政府重視，宋王朝創(chuàng)立了校正醫(yī)書局，對歷代傳世的重要醫(yī)籍，進行了大規(guī)模的收集校正，刊行出版；為保存和傳播中醫(yī)典籍，做出了不可磨滅的貢獻。

這一時期，還由官方出面組織力量，編寫了《開寶本草》、《嘉祐本草》、《本草圖經(jīng)》、《太平圣惠方》、《圣濟總錄》、《太平惠民和劑局方》等本草方劑專書。

降至金元，醫(yī)學上的最大成就，就是學術(shù)流派的空前繁榮。當時，劉完素提出火熱論，著述有《素問玄機原病式》等；張從正提出攻邪論，著述有《儒門事親》行于世；李杲提出脾胃論，著述有《脾胃論》、《蘭室秘藏》等；朱震亨提出相火論，著述有《格致余論》、《局方發(fā)揮》等。劉、張、李、朱；醫(yī)史上稱之為“金元四大家”，可見其時學術(shù)爭鳴的一斑。

明代，李時珍著《本草綱目》，這是我國藥學史上最為輝煌的一部巨著，后來被譯成日、朝、拉丁、英、法、德等多國文字，廣泛傳播于世界各地。《本草綱目》之外，明王朝對于中醫(yī)學有較大貢獻的，還有吳有性著《溫疫論》，創(chuàng)“戾氣”致病學說。這是17世紀在傳染病病因?qū)W上的卓越創(chuàng)見。它為清代祖國醫(yī)學在溫病領(lǐng)域里的開拓崛起，起到了先導作用。

這一時期，還出現(xiàn)了一些高水平的醫(yī)學全書，其中享有盛名而至今仍為醫(yī)家推崇的則數(shù)張介賓《景岳全書》為最。

清朝是我國最后一個王朝。這一時期，祖國醫(yī)學的最大成就，是形成了與傷寒學說相羽翼而又有相對獨立性的新理論——溫病學說，從而豐富了祖國醫(yī)學對于外感熱病治療的手段和經(jīng)驗。其時葉天士著《溫熱論》，薛生白著《濕熱條辨》，吳鞠通著《溫病條辨》，王孟英著《溫熱經(jīng)緯》，洋洋灑灑，蔚為大觀。

溫病學說之外，王清任《醫(yī)林改錯》和吳尚先《理瀹駢文》，也在中醫(yī)學發(fā)展中各樹一幟。王清任注重實踐，不僅在解剖學及研究醫(yī)學的方法論方面做出了可貴的貢獻，而且還創(chuàng)造了許多活血化瘀和益氣活血的方劑，擴大并深化了祖國醫(yī)學對于瘀血病癥的認識和治療。

吳尚先的創(chuàng)新精神在于從理論和實踐上，對古代外治法進行了系統(tǒng)的繼承和發(fā)揚，使這一簡、便、廉、驗的治療方法，得到了廣泛的推廣和應用。

民國以來，隨著西洋醫(yī)學的源源輸入，自清代形成的中西醫(yī)匯通思潮有了進一步的發(fā)展。其時出現(xiàn)的衷中參西學派，為中西醫(yī)互相取長補短，做出了有益的探索，并使中西醫(yī)匯通的思想和學術(shù)內(nèi)容，作為中醫(yī)事業(yè)發(fā)展的一個重要方面，逐漸滲透到中醫(yī)各科臨床、教學和書刊中，成為現(xiàn)代中西醫(yī)結(jié)合研究的先行。

歷史上的中醫(yī)學，一直是以民間的研究和發(fā)展為主流，政府實際對于醫(yī)學的研究并沒有起到主導作用，這為中醫(yī)的學派形成、治療技術(shù)方面的多樣化創(chuàng)造了好的外部條件。但是，利弊相兼，中醫(yī)學的研究和發(fā)展，也始終沒有得到政府的重視，在僵化的人文社會環(huán)境下，作為自然科學一部分的醫(yī)學甚至受到壓制，一批社會精英不愿從事醫(yī)學，直接導致清末封建王朝解體之后祖國醫(yī)學一蹶不振，如形骸獨立。