回族的清真寺有一套制度。最早在教坊制度方面，實行的是“三教”制，即有一位掌教，專門掌握宣傳教義、領(lǐng)拜說教、勸導(dǎo)教民；有一位阿旬輔佐掌教執(zhí)行教務(wù)、專司教學(xué)；還有一位鄉(xiāng)老，專管清真寺里日常雜事?，F(xiàn)在，有些地方已有所突破和改進，如北方，特別是西北，所有清真寺互不隸屬，每個清真寺都有一個阿旬，管事作主，招收學(xué)生，開學(xué)講經(jīng)，處理本坊的宗教事務(wù)活動。有一個在回族群眾中德高望重的鄉(xiāng)老，主管收學(xué)糧以及干“爾埋里”等宗教活動的行政事務(wù)工作，每個清真寺還有一位寺師傅，在清真寺沐浴堂燒水，齋月敲梆子等，為眾人服務(wù)?，F(xiàn)在清真寺里的阿旬，由于教派和門宦不同，實行不同的方法，有的是委任制，多數(shù)是選聘制。聘任期為一年，一年滿后可以連聘。這種方法比較民主，群眾如果對某一阿旬不信任可以解聘，另請高明。大一點的清真寺還成立了寺管委員會。大事由專管委員會討論決定。

現(xiàn)在全國著名的回族清真大寺主要有：廣州懷圣寺（相傳建于唐代）、泉州清真寺（建于1131～1162年）、杭州的鳳凰寺（建于1263年）、揚州清真寺（建于1257年）、北京的牛街禮拜寺（建于996年）、北京東四清真寺（建于1447年）、開封的東大寺、濟寧大寺、滄州大寺、臨夏南關(guān)大寺、西寧東關(guān)大寺、西安化覺寺、寧夏南關(guān)大寺、同心大寺、吳忠大寺、納家戶清真寺等等。